L’Institut Saint Joseph a été fondé en 1912. La première rentrée en octobre 1912 accueillait 12 élèves. Il était alors installé rue d’Isly à Boulogne-sur-mer. C’est à la rentrée d’octobre 1947 qu’il s’est installé route de Calais à Saint- Martin-Boulogne dans l’ancien Collège des Pères Jésuites. Après la remise en état des bâtiments endommagés lors de la seconde guerre mondiale, plusieurs bâtiments ont été successivement construits pour accompagner le développement de l’établissement.

En 1974, l’Institut Saint Joseph fusionnait avec l’Ecole Professionnelle du Saint Coeur de Marie, alors installée rue Saint Jean à Boulogne-sur-mer.

En 1981, l’Institut Saint Joseph faisait l’acquisition des immeubles de l’ancien Petit Séminaire, situé rue de Maquétra à Saint-Martin-Boulogne
 

En 1992, l’institut Saint Joseph faisait l’acquisition des immeubles du Foyer Sainte Anne, situé rue Traversière à Saint-Martin-Boulogne.
 

En 2006, le Lycée Saint Joseph décidait de se séparer des immeubles de la rue de Maquétra et de la rue Traversière et de rassembler l’ensemble des formations sur un site unique route de Calais. Cela nécessitait la construction de nouveaux locaux. Parallèlement, la réhabilitation d’autres locaux était entreprise.
 

A la rentrée 2009, les 1070 élèves de formation initiale sont installés dans des locaux neufs ou entièrement rénovés. Des anciens ateliers seront prochainement détruits et laisseront la place à un vaste parking.